По данным Минфина России, наибольшие потери бюджет несет от прямых налоговых льгот, предоставляемых для развития отраслей и поддержки социально незащищенных категорий граждан. В 2012 году на прямые налоговые льготы пришлось 71,7% всех налоговых расходов. Самые дорогие для бюджета льготы — по налогу на добычу полезных ископаемых (НДПИ) для выработанных и новых месторождений. Потери бюджета в 2012 году от этих льгот составили 156 млрд рублей (0,25% ВВП) и 89,4 млрд рублей (0,14% ВВП) соответственно.
Дорого бюджету также обходятся амортизационная премия (0,22% ВВП), снижение прибыли на убытки (0,21%) и нулевая ставка по дивидендам российских компаний (0,13%). В целом, льготы по четырем налогам: на добычу полезных ископаемых, на имущество организаций, на прибыль и на добавленную стоимость составили почти 95% потерь бюджета в 2012 году.
Ранее Счетная палата заявляла, что общая величина налоговых льгот за 2012 год составила 5,5 трлн рублей, из них 5 трлн — это товары, реализующиеся на территории России. «При этом применение целого ряда льгот экономически неэффективно и неоправданно», — заявлял замглавы Счетной палаты Валерий Горегляд в Госдуме 18 сентября.
В конце сентября министр финансов Антон Силуанов предложил рассмотреть возможность сокращения списка товаров, на которые распространяется льготная ставка НДС в размере 10%. По его словам, из-за льготной ставки налога на добавленную стоимость бюджет недополучает более 100 млрд рублей.
Ранее в связи с недобором доходов бюджету премьер-министр Дмитрий Медведев поручил Минфину и Минэкономразвития до 15 мая 2014 года проанализировать эффективность налоговых льгот. Минфин пока лишь хочет создать инструмент для анализа налоговых расходов, сообщил директор налогового департамента ведомства Илья Трунин. Он отметил, что правительство и Госдума могут, напротив, предложить ввести новые льготы.